To był dla mieszkańców Michniowa normalny dzień. Jedni szykowali się do pracy, inni na role. Część mieszkańców kierowała się w kierunku przystanku kolejowego w Berezowie. Stamtąd udawali się do fabryk w Suchedniowie czy Skarżysku. Nic nie zapowiadało późniejszych wydarzeń.
Niemcy w odwecie za wspieranie Armii Krajowej postanowili doszczętnie zniszczyć wieś Michniów. Po ich stronie było to działanie dokładnie zaplanowane. Według raportu szefa kieleckiego gestapo Karla Essiga decyzja o przeprowadzeniu akcji przeciwko mieszkańcom Michniowa zapadła 8 lipca w Radomiu. Niemcy spodziewali się znaleźć w Michniowie i okolicach polskich partyzantów dowodzonych przez Jana Piwnika ps. Ponury.
Ci z mieszkańców, którzy natrafili na niemieckich żandarmów zostali siłą strąceni do lasu, niezależnie od tego czy były to kobiety czy mężczyźni. Osoby, które pozostały w domach były z nich na siłę wyciągane. Wszyscy byli przewożeni ciężarówkami na miejsce egzekucji. Pierwszymi ofiarami śmiertelnymi byli bracia Antoni i Jan Gołębiowscy.
13 lipca Michniów został ponownie ostrzelany przez Niemców. Funkcjonariusze policji okrążyli miejscowość ze wszystkich stron. Większość mężczyzn już nie żyła, ciała w wielu przypadkach ciągle zalegały niepogrzebane na podwórzach gospodarstw, część osób uciekła do pobliskich miejscowości: Suchedniowa, Ostojowa, Błota czy Krzyżki. Niemcy podpalili wieś, ze zgliszcz wydobyto jedynie majątek ruchomy oraz żywy inwentarz.
W ciągu dwóch dni zamordowanych zostało ponad 200 mieszkańców (w tym kobiety i dzieci), a wieś została spalona. Część osób deportowano do obozu Auschwitz oraz wysłano na roboty przymusowe do Niemiec. Okupanci zakazali odbudowy zniszczonych zabudowań i uprawy okolicznych pól. Pacyfikacja Michniowa stała się symbolem niemieckich zbrodni popełnianych na mieszkańcach polskich wsi. Były one zazwyczaj zemstą na cywilach za wspieranie polskiego ruchu oporu, ale też jednym z wielu sposobów terroryzowania polskiej ludności. Szacuje się, że w latach 1939 – 1945 Niemcy dokonali ok. 800 pacyfikacji.